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生態環境部南京環境科學研究所（以下簡稱“南京所”）成立于1978年，是生態環境部直屬公益性科研機構，也是我國最早開展環境保護科研的院所之一。自成立以來，一直以生態保護與農村環境為主要研究方向，致力于前瞻性、戰略性、基礎性及應用性環境課題的研究。科研范圍涵蓋生態系統評估與保護修復、生物安全、自然保護地環境管理、生態文明建設與規劃、土壤環境基準與標準、農村環境保護與面源污染控制、農用化學品污染防治、固廢管理與污染防治、流域水污染防治、環境規劃與戰略評價等32個研究領域。依托相關研究成果，我所還在生態環境保護規劃、有機產品認證咨詢、農用化學品環境安全評估、污染場地修復及環境工程等方面開展了廣泛的技術咨詢工作。
南京所現有在職職工578人，其中中國工程院院士1名、高級職稱130人、博士153人、碩士323人，形成了一支以知名專家為引領、各領域科研骨干為依托、青壯年科技人員為主體的創新人才隊伍。南京所占地2.5公頃、建筑面積2.7萬平方米。已建成國家環境保護農藥環境評價與污染控制、國家環境保護生物安全、國家環境保護土壤環境管理與污染控制三個部級重點實驗室，裝備了國內一流的儀器設備千余臺（套）。
建所四十年來，共完成大、中型項目千余項，在國內外重要學術期刊上發表論文2400余篇，出版專著110余部，獲得國家發明和實用新型專利520余項，獲國家和省部級科技進步獎60余項，“十二五”以來，全所共主持制訂并由國家相關部委頒布實施了150項國家環境保護標準、技術規范、技術政策等。
南京所主辦的《生態與農村環境學報》（月刊）系生態環境部主管，與中國環境科學學會聯合主辦，學術影響一直在我國環境保護領域期刊中名列前茅。
南京所與聯合國環境署、世界自然保護聯盟等10多個國際組織，以及美國、德國、荷蘭、挪威等30多個國家開展了廣泛的科研項目合作和人員交流。
建所以來，南京所始終遵循“團結、奉獻、求實、創新”的所訓，積極參與各項國家和地方重大科研項目，已成為我國環境科技界的一支重要力量，為國家環境管理決策提供了有力的科技支撐，為各地的生態建設和污染防治提供了全方位的技術支持和服務。
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